Elevage Bovin Allaitant

En matière de génétique charolaise, la génomique est en ordre de marche

Gènes Diffusion, ElvaNovia et Valoris Charolais consacraient une journée à la sélection génomique le 31 mai à Cuzy. Quatre ans après le lancement de GD Scan, la charolaise est, avec Valoris, en ordre de marche pour une nouvelle ère.

Sur l’exploitation du Gaec de Bucheleur à Cuzy, de nombreux éleveurs sont venus prendre connaissance des dernières avancées de la sélection génomique par Gènes Diffusion.

Le 31 mai à Cuzy avait lieu la seconde journée de l’association Valoris Charolais organisée avec l’entreprise de sélection Gènes Diffusion et la coopérative ElvaNovia. Se déroulant sous un bâtiment photovoltaïque du Gaec de Bucheleur, la réunion a bénéficié de la présence de nombreux éleveurs venus de toute la France et a largement été consacrée à la génomique.

Née sous l’égide de Gènes Diffusion et de ses coopératives adhérentes, l’association Valoris Charolais a en effet vu le jour dans le cadre des travaux menés sur le sujet par l’entreprise de sélection. Une technologie révolutionnaire qui, depuis 2009, mobilise Gènes Diffusion. L’entreprise créait ainsi, sur son siège de Lille, sa propre plate-forme génomique dès 2010 en lançant en même temps son propre programme génomique Vache/Veau. Des travaux qui débouchaient en 2014 sur le lancement commercial du tout premier outil de génotypage charolais : GD Scan. En 2015, Valoris 38 prenait la suite du programme "Vache/Veau". Dans la foulée, l’association Valoris Charolais était créée de même que le site de vente de reproducteurs génotypés en ligne genomik.fr. Une première journée de l’association Valoris Charolais était organisée dans la Loire en 2016.

21.000 charolais génotypés

Quatre ans après le lancement de GD Scan, le bilan fait état de plus de 21.000 bovins charolais génotypés, dévoilait Sébastien Landemaine de Gènes Diffusion. Une « massification » concourant à la fiabilité croissante de l’outil. Au fur et à mesure que sont mis au point de nouveaux critères de sélection génomiques, les index sont recalculés, actualisés et leur fiabilité ne cesse de progresser.

Aujourd’hui, Gènes Diffusion assure que ses index GD Scan ont « une fiabilité (CD) équivalente » aux CD de l’outil génomique Iboval. Quinze index de production et de morphologie au sevrage figurent ainsi au menu de GD Scan.

Les promesses de Valoris 38

Le programme de recherche continue d’explorer de nouveaux critères de sélection génomiques. Cinquante élevages charolais sont mis à contribution pour collecter des phénotypes de morphologie, de comportement, ou concernant des maladies néonatales…, détaillait Gérard Heumez de Gènes Diffusion. Le programme s’intéresse aussi à des critères supplémentaires autour de la reproduction, sur les aptitudes au vêlages (ouverture pelvienne, déroulement du vêlage…), sur la santé du pied ou encore la valeur laitière.

Parmi les axes prioritaires de Valoris 38 figure la reproduction (réussite à l’insémination, manifestation des chaleurs, fécondité…). Autant de caractères qui ont des incidences économiques importantes. L’élevage des veaux est aussi au programme avec le désir de « limiter la pénibilité et les tracas liés aux petits veaux (maladies, mortalité, travail…) ». La durée de gestation est également étudiée, de même que les aptitudes à téter.

 

Le futur OS Charolais Plus

Cette journée du 31 mai aura été marquée par la présentation du projet de création d’un nouvel OS (organisme de sélection) par Gènes Diffusion et l’association Valoris Charolais. Rendu possible par le nouveau règlement zootechnique européen, ce projet - qui a pour nom "Charolais Plus" - se veut une réponse au recul de la race face à ses concurrentes, justifiait Cyrille Thomas, président de Valoris Charolais. C’est aussi le moyen pour Gènes Diffusion de sauvegarder et de conserver la maîtrise de son programme de sélection, poursuivait-il.

Au terme de trois ans de discussions infructueuses avec l’OS historique, dans lesquelles ils demandaient « une ouverture du livre généalogique, un accès à la génomique pour tous, la prise en compte de la génomie dans les qualifications, la tenue du livre par l’OS, une direction spécifique à l’OS et un coût d’inscription moins onéreux », les intéressés ont choisi de se démarquer en fondant leur propre OS. Ainsi entendent-il « rester maître de leur propre programme de sélection et de proposer des choses différentes ». Mission de l’OS, le contrôle de performances sera délégué aux acteurs habituels (Bovins croissance). L’indexation sera assurée par Geneval, laquelle remplace désormais l’Inra et l’Institut de l’Elevage. Quant au Livre généalogique, comme le stipule la loi européenne, la nouvelle OS Charolais Plus aura le sien, ce qui signifie qu’il y aura désormais deux livres généalogiques pour la charolaise. Une issue que connaîtra aussi la race montbéliarde et qui n’empêcherait pas une gestion commune, voire des passerelles entre livres, faisait-on remarquer.

Pour les représentants de Gènes Diffusion et de Valoris, la particularité du nouveau livre sera d’être ouvert à tout éleveur, inscrit ou non, au contrôle de performances ou pas. L’inscription serait déléguée au contrôle de performances ou à la coopérative d’insémination. Les frais pour un cheptel de cent vaches s’élèveraient à 605 € par an, indiquait-on.

Le projet est aussi motivé par la nécessité d’enrayer une inadéquation des animaux à la filière, faisait valoir le président de Gènes Diffusion, Alain Guillaume.

Julien Desbrosses, administrateur ElvaNovia : une division qui inquiète…

Comme d’autres éleveurs présents à la réunion, Julien Desbrosses, éleveur à Neuvy-Grandchamp et administrateur à ElvaNovia, ne cachait pas ses interrogations face à la perspective de voir la race charolaise se diviser en deux OS. « Dans un contexte très peu favorable à l’élevage allaitant, je doute que cette division contribue à régler les problèmes économiques des éleveurs », confiait-il. Comme nombre de ses collègues, Julien redoute d’avoir à choisir entre deux livres généalogiques. « L’un ou l’autre, la question, pour nous éleveurs, c’est de faire des économies » et « d’avoir des animaux efficaces pour faire tourner nos exploitations », estimait-il. L’éleveur s’interroge aussi sur le recrutement futur des stations d’évaluation : « seront-elles ouvertes aux deux livres ? Et les animaux pourront-ils passer d’un livre à l’autre ? ».  En tant qu’administrateur d’ElvaNovia, Julien Desbrosses rappelait que sa coopérative a pour fonction première le service aux éleveurs et que c’est pour cela qu’elle adhère à plusieurs entreprises de sélection. Malgré l’incertitude que lui inspire ce tournant, le jeune éleveur veut croire que « cette énième remise en cause dans le métier aura le mérite de faire bouger les choses dans le bon sens ».

Gaec de Bucheleur : 70 % de charolais sans corne

C’est sur l’exploitation des frères Briet, Christophe, Serge et Thierry, tous trois associés au sein du Gaec de Bucheleur, que cette seconde journée de Valoris Charolais était organisée cette année. Détenteurs d’un troupeau de 300 charolaises, les Briet ont fait le choix, dès 2006, d’introduire le caractère "Sans corne" dans leur cheptel. Aujourd’hui, 70 % de leurs animaux sont nés sans corne. En 2008-2009, l’élevage s’était inscrit dans le programme "Vache/Veau" de Gènes Diffusion. Depuis 2013, toutes les femelles de renouvellement sont génotypées.

Epigénétique, microbiote…

En rendant possible une sélection des animaux basée sur une lecture directe de leur génome et ce grâce à de puissantes nouvelles technologies, la génomique bouleverse la génétique animale. L’élargissement à de nouveaux critères de sélection offre de très prometteuses perspectives. Et le laboratoire de recherche de Gènes Diffusion s’intéresse d’ores et déjà à d’autres champs d’exploration, dévoilait le responsable scientifique, Christophe Audebert. Par exemple, l’épigénétique que l’intervenant définit comme « ce qui gouverne la génétique ». Seulement 2 % des gènes codent réellement alors que 98 % servent à agir sur l’expression de ces 2 % de gènes codants. « L’épigénétique, c’est le fait que l’environnement modifie le potentiel qu’on transmet à la descendance », expliquait le scientifique. Ainsi apprend-on que le gène "Sans corne" n’existe pas, mais que ce serait un mécanisme possiblement réversible qui ferait que le caractère "Sans corne" se transmet entre générations. Autre exemple patent avec les abeilles chez lesquelles l’alimentation d’une larve avec de la gelée royale en fait une reine au phénotype très différent de ses congénères pourtant de patrimoine génétique strictement identique. Des données qui font dire à Christophe Audebert que « chaque paillette d’un même taureau n’est pas tout à fait égale en termes de potentiel transmis ».

La sélection animale pourrait également s’intéresser au microbiote, autrement dit au rôle joué par l’important patrimoine génétique des bactéries qui occupent l’écosystème à l’intérieur d’un animal.

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